Génoplante : une Rolls-Royce pour la génomique végétale

By 20 March 2013

Génoplante : aux grands maux, les grands remèdes.

Bien qu’il ne soit qu’un réseau parmi d’autres, le réseau de génomique végétale7 Génoplante a toujours été vanté par nos interlocuteurs comme une des formes les plus abouties, les plus originales ou les plus étonnantes de partenariat entre la recherche publique et les entreprises. Ces éloges enthousiastes nous ont d’autant plus intrigués que les recherches sur les plantes, généralement éclipsées par celles sur l’homme et peu populaires (car associées aux pesticides ou aux manipulations génétiques), sont rarement mises en avant. Nous sommes donc partis en quête de ce réseau extraordinaire.

Nous n’avons pas tardé à apprendre que Génoplante résulte d’une action de grande envergure initiée en 1999 par les ministères de la Recherche et de l’Agriculture et de la Pêche. Il s’agissait de réagir face à la menace qui pesait sur l’indépendance de

l’agriculture française : depuis quelques années apparaissaient à l’étranger des techniques modernes de génomique, maîtrisées et employées par de grands groupes tels que l’américain Monsanto. Sans réaction au niveau national, l’accès de l’agriculture française à la technologie dépendrait à terme des décisions d’acteurs étrangers. Cette perspective était d’autant plus désagréable que l’agronomie française, portée par l’INRA8, avait jusqu’ici fait figure de leader mondial. Génoplante est donc né de la volonté d’unir les forces à la fois du secteur public et du secteur privé, afin de couvrir rapidement l’ensemble des disciplines et savoir-faire impliqués en génomique végétale, de faire face au niveau élevé des investissements requis et d’acquérir, face aux autres acteurs mondiaux de la génomique, une position stratégique. Nous sommes allés voir ce qu’il en était aujourd’hui.

I. Génoplante : une Rolls-Royce pour la génomique végétale

En étudiant Génoplante, nous avons tout de suite constaté que cette fois, les acteurs concernés avaient fait les choses en grand. Né du principe que l’union fait la force, Génoplante réunit quatre établissements publics de recherche (INRA, CNRS9, CIRAD10 et IRD11), ainsi que les principaux acteurs privés concernés par l’amélioration et la protection des cultures : Biogemma12, Bioplante13 et initialement Aventis CropScience, devenu récemment Bayer Cropscience suite à son rachat par le chimiste allemand Bayer. Génoplante a été doté à sa création d’un budget de 213M (1,4MdF) sur cinq ans, reflet de la volonté de réagir vite et fort à la concurrence mondiale. Aujourd’hui, il représente un réseau de plus de 400 scientifiques, des secteurs public et privé, répartis sur l’ensemble du territoire français. Les premiers résultats, nombreux, sont encourageants. Ils concernent aussi bien l’obtention de marqueurs moléculaires, la découverte de zones chromosomiques à haut intérêt, l’identification de gènes importants, la mise en place d’une librairie de séquences ADN14, que la réalisation de puces ADN fonctionnelles. Une cinquantaine de communications ont été réalisées et une dizaine de brevets sont en cours.

7 Génomique végétale : science qui se propose d’étudier la structure, le fonctionnement et l’évolution des génomes des plantes.
8 Institut National de la Recherche Agronomique.
9 Centre National de la Recherche Scientifique.
10 Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement.
11 Institut de Recherche pour le Développement.
12 Biogemma est un des principaux acteurs du secteur des biotechnologies végétales, constitué par les groupes semenciers Limagrain et Pau-Euralis, et par les filières agricoles représentées par Sofiprotéol et Unigrains.
13 Bioplante est un Groupement d’Intérêt Economique (GIE) entre les établissements semenciers Desprez et Serasem

Génoplante fait ainsi figure de partenariat efficace et salutaire entre recherche publique et entreprises. Nous avons tout d’abord cherché à percer le mystère de cette troublante réussite en nous penchant sur l’organisation et le mode de fonctionnement de ce réseau. Nous allons voir qu’ils reposent à la fois sur des principes de base communs à l’ensemble des Réseaux de Recherche et d’Innovation Technologique (RRIT), dont Génoplante fait partie, et sur une mise en œuvre originale du partenariat recherche publique-entreprises.

Un réseau parmi d’autres

En 1998, lors des Assises de l’Innovation, le Premier Ministre a annoncé la mise en place de RRIT afin de favoriser, sur des thèmes jugés prioritaires, la collaboration entre la recherche publique et la recherche industrielle. Ces réseaux ont pour vocation de répondre à la demande socio-économique en rassemblant et en fédérant l’ensemble des acteurs d’un domaine technologique ou d’une industrie : organismes de recherche, PME et grands groupes industriels, universités et écoles d’ingénieurs, associations et syndicats professionnels, centres techniques, groupements d’intérêt économique, etc. La création d’un RRIT vise à mutualiser les moyens matériels, financiers et humains des différents partenaires et à garantir une meilleure diffusion des résultats des recherches à l’ensemble de l’économie.

On peut remarquer qu’en 1998, Henri Guillaume, dans son rapport de mission15, soulignait la nécessité de prendre rapidement des mesures pour en finir avec les médiocres performances de notre pays en recherche technologique. Il constate les faiblesses suivantes : « Les points faibles cités par les entreprises sont, rappelons-le, la dispersion et la redondance des recherches qui nuisent à l’identification de pôles de compétences, la mauvaise couverture de certains domaines technologiques, les difficultés d’entreprendre une recherche coopérative avec des « fédérations » de laboratoires. L’organisation française de la recherche autour de grands organismes travaillant isolément n’est guère adaptée au développement de la recherche technologique ». Les RRIT, par leur aspect fédérateur et leur mise en œuvre d’une recherche partenariale entre laboratoires publics et entreprises, semblent vouloir remédier à cette situation défavorable pour la recherche technologique.

Fin 2001, seize RRIT étaient en activité, couvrant six grands domaines : l’aéronautique et l’espace ; l’énergie et les transports ; l’environnement ; les matériaux et la construction ; les sciences de la vie ; les technologies de l’information, les télécommunications et le multimédia. Il est à noter que le Programme national de recherche et d’innovation dans les transports terrestres (réseau PREDIT) existe depuis 1990 et fait figure de précurseur. Concernant les autres réseaux, l’un a vu le jour en 1998 (réseau de télécommunication), quatre en 1999 (dont Génoplante), sept en 2000, et trois en 2001.

14 Acide DésoxyriboNucléique.
15 Rapport de mission sur la technologie et l’innovation, ministère de l’Economie, des Finances et de l’Industrie, par Henri Guillaume, 1998.

La Loi sur l’innovation de 1999 encourage ce type de structures, de même que les plans communs de recherche et développement européens. De ce fait, les réseaux bénéficient de financements incitatifs, notamment de la part du ministère de la Recherche, essentiellement via le Fonds de la recherche et de la technologie (FRT). En 2001, le financement des réseaux représente 55% du montant total du FRT tandis que celui des appels à projet hors réseaux, en tête en 1998, tombe à 14%. Génoplante est l’un des sept réseaux à avoir perçu plus de 15M (100MF) en provenance du FRT sur la période 1998-2001. De son côté, l’engagement du secteur privé est variable selon le réseau. Un bilan à fin 200016, où douze réseaux étaient opérationnels, montre que le secteur privé a contribué à hauteur de 59% au financement total des projets de 1998 à 2000. Dans le domaine des sciences du vivant, ce pourcentage se réduit en moyenne à 42%, tandis qu’il est de 69% pour le réseau Pile à combustible.

Concernant l’organisation des réseaux, elle varie également selon les domaines scientifiques et technologiques. Le plus souvent, le réseau est piloté par un Comité d’orientation stratégique (COS) constitué d’industriels et de représentants de la recherche publique. Une expertise scientifique et technique permet la sélection des projets. Le fonctionnement au quotidien est assuré par un bureau exécutif restreint et une cellule d’animation.

Certains aspects de l’organisation de Génoplante se présentent ainsi comme l’illustration des principes évoqués ci-dessus. Néanmoins, nous allons voir comment Génoplante complète ces principes par des règles qui lui sont propres et font son originalité.

Une forme très aboutie de partenariat public-privé

La complémentarité des partenaires :

Comme les autres réseaux, Génoplante joue la carte de la complémentarité de ses membres. L’INRA offre son expertise en génomique végétale, ainsi que sa compétence sur l’ensemble de la filière allant de la génétique à la culture et du champ cultivé au produit transformé. La présence du CNRS est déterminante pour l’accumulation de nouvelles connaissances fondamentales sur les génomes des plantes. Quant au CIRAD et à l’IRD, ils ont acquis par leurs travaux propres et leur insertion dans des réseaux internationaux des compétences importantes sur le riz, espèce qui joue en génomique végétale un rôle de plante modèle. Les partenaires privés apportent leur maîtrise des techniques de biologie à grande échelle, ainsi que des ressources génétiques originales et compétitives. Ils sont également les seuls à vraiment bien connaître leur marché et peuvent donc juger le potentiel d’application de certains travaux du réseau à partir de réels enjeux économiques et stratégiques.

16 Relevé effectué fin décembre 2001 et début 2002 par les départements sectoriels de la Direction de la Technologie, cité dans le rapport du ministère de la Recherche « Mesures de soutien à l’innovation et au développement technologique », de mars 2002

Un réseau doté d’une organisation rigoureuse :

Génoplante apparaît comme un ensemble particulièrement structuré, dont le fonctionnement obéit à une organisation rigoureuse.

L’organisation de la recherche :

La recherche se développe autour de deux axes :

« Génoplante générique », qui coordonne les travaux portant sur les espèces modèles (arabette et riz) et la création d’outils technologiques en robotisation et en bio- informatique. Ces recherches sont portées par le laboratoire Rhobio (association de Biogemma et d’Aventis Cropscience), un laboratoire mixte INRA-CNRS de génomique végétale et le pôle de Montpellier CIRAD-IRD ;
« Génoplante espèces », qui regroupe les programmes spécifiques sur des espèces d’intérêt agronomique (blé, maïs, colza, pois et tournesol) et mobilise des laboratoires partenaires de Génoplante répartis sur toute la France.

Quatre axes de recherche ont été définis par Génoplante sur chacune des cinq espèces :

– L’analyse structurelle du génome
– La recherche des gènes impliqués dans les résistances aux maladies
– La recherche des gènes impliqués dans les caractères agronomiques
– La recherche des gènes impliqués dans les qualités des plantes

Génoplante englobe donc à la fois la recherche fondamentale sur les génomes des plantes et une recherche plus appliquée qui doit permettre à terme de mettre au point des plantes de qualité, qui répondront mieux aux attentes des agriculteurs, de l’industrie agroalimentaire et des consommateurs.

Une structure double :

Les programmes de Génoplante sont conduits et évalués au sein d’un Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS), appelé Génoplante Recherche, qui constitue une structure de pilotage unique pour tous les programmes de recherche. Selon un des pères fondateurs de Génoplante, le GIS, qui s’apparente à un contrat de collaboration, a été choisi pour sa souplesse et sa rapidité de mise en œuvre. La lourdeur administrative qui caractérise les structures bénéficiant de la personnalité morale a été jugée incompatible avec l’objectif de rattraper la concurrence, partie trois ans plus tôt. Par ailleurs, Génoplante doit avant tout reposer sur la confiance entre les partenaires. Il semblait donc préférable, au lieu de créer une structure forte mais figée, d’instaurer un partenariat souple, n’existant que par la volonté de ses membres de travailler ensemble et de « mettre la main au pot » chaque année.

Par contre, une structure pérenne est indispensable pour exploiter les résultats acquis et assurer le développement, la défense et la valorisation de la propriété intellectuelle, tout en apportant une juste rémunération de leur contribution aux membres de Génoplante (au prorata de leurs apports). Depuis l’automne 2001, la gestion de la propriété intellectuelle est assurée par une Société par Actions Simplifiée (SAS) appelée « Génoplante Valor », qui a pour actionnaires les partenaires du GIS : organismes publics de recherche, filières agricoles professionnelles (impliquée dans Biogemma) et partenaires privés (Biogemma, Bioplante), avec respectivement 50%, 15% et 35% des droits de vote. Le rachat d’Aventis Cropscience par Bayer a été anticipé : Bayer Cropscience n’est pas actionnaire de la SAS, mais conserve la possibilité de conduire, sous certaines conditions, des programmes de recherche dans le cadre du GIS.

Le principe de parité :

Les pourcentages précédemment cités révèlent l’une des règles fondamentales mise en œuvre par Génoplante et qui en fait en partie son originalité : la parité entre partenaires publics et partenaires privés. Elle s’applique aussi bien aux droits de vote, au nombre égal de représentants du secteur public et du secteur privé dans toutes les instances de décision du GIS, qu’à la conduite quotidienne des programmes et aux apports budgétaires.

Ainsi, sur le budget global de Génoplante (213M ), 40% proviennent des organismes publics de recherche, essentiellement sous forme de frais de salaires des chercheurs travaillant pour Génoplante. Les partenaires privés financent également 40%

du budget, à la fois au travers de leurs propres équipes engagées dans Génoplante, du personnel mis à disposition des laboratoires publics, et d’un soutien financier aux programmes menés dans ces laboratoires. Enfin, les 20% restants correspondent aux subventions des pouvoirs publics perçues par le réseau. Ces subventions proviennent du ministère de la Recherche, principalement via le Fonds National de la Science (FNS) et le Fonds de la Recherche Technologique (FRT), ainsi que du ministère de l’Agriculture et de la Pêche. La parité du financement est maintenue au niveau global. En ce qui concerne les divers projets sur lesquels travaillent les chercheurs, les parts respectives des partenaires sont variables selon l’intérêt qu’ils portent au projet. Ainsi, le financement public est majoritaire dans les projets de « Génoplante générique », même si l’implication des partenaires privés reste obligatoire, tandis que c’est l’inverse pour « Génoplante Espèces ». Par exemple, pour les deux premières années de fonctionnement de Génoplante, 45,12M (296MF) ont été affectés aux programmes Espèces et 32,17M (211MF) aux programmes Génériques, dont les répartitions selon les partenaires sont indiquées dans le tableau ci-contre. La différence de budget alloué entre les projets Génériques et les projets Espèces devrait être réduite en ce qui concerne l’actuelle période de trois ans, car la bio-informatique, les nouveaux outils et le riz vont faire l’objet d’efforts accrus.

Concernant les instances de décision, le GIS est piloté par un Comité stratégique, qui définit les actions prioritaires du réseau et actualise son périmètre en fonction de l’évolution des contextes externe et interne. Ce comité est actuellement présidé par la Directrice Générale de l’INRA, la vice-présidence revenant aux partenaires privés. La règle de parité y est respectée, tout comme au sein du Directoire Opérationnel, qui met en œuvre les décisions du Comité stratégique, définit les grandes thématiques de travail, analyse les projets retenus par les comités thématiques, gère la valorisation des résultats obtenus, s’occupe de l’obtention des crédits et des aspects internationaux. En fonction des thématiques énoncées par le Directoire Opérationnel, des appels à projet sont lancés. Les réponses sont sélectionnées par des comités thématiques paritaires publics-privés. Chaque comité rassemble un panel de scientifiques et dispose à sa tête de deux coordinateurs, comme toujours l’un du secteur privé, l’autre du secteur public. Les projets sélectionnés sont présentés au Directoire Opérationnel, qui peut émettre des objections.

Cette rapide description du fonctionnement des organes de Génoplante montre à quel point la règle de parité est scrupuleusement respectée à tous les niveaux, ce qui donne autant de poids dans le réseau aux partenaires privés et publics.

projets de Génoplante générique

La prise des décisions à l’unanimité :

Cette règle est complétée par celle instaurant que toutes les décisions sont prises à l’unanimité. Rien ne peut se faire sans l’accord de la totalité des partenaires, ce qui représente une contrainte très forte. Dans les faits, les réunions mensuelles du Directoire Opérationnel, même lorsqu’elles ont été longuement préparées à l’avance, durent toute une journée, voire empiètent largement sur la nuit. Chacun défend librement ses positions et ses intérêts. Lorsque le consensus n’est pas atteint, la décision est ajournée. Le choix de cette règle de l’unanimité, critiqué dans d’autres contextes comme source de paralysie, serait, d’après les membres de Génoplante, essentielle au bon fonctionnement du partenariat. Elle garantit en effet que l’opinion de chacun des partenaires sera prise en compte, que chaque désaccord ou difficulté devra être résolu : « Tout le monde est conscient que l’on prendra le temps qu’il faut pour se mettre d’accord, et que, de ce fait, personne ne partira en claquant la porte ». L’avantage est bien entendu qu’une fois une décision prise, les tergiversations sont finies et tous les partenaires s’y tiennent.

Une évaluation permanente et rigoureuse :

Par ailleurs, l’organisation du réseau s’appuie sur une évaluation rigoureuse des projets. Tout d’abord, Génoplante s’est doté d’un Conseil scientifique qui évalue régulièrement la pertinence des choix scientifiques faits par le réseau. Ce conseil est constitué d’experts extérieurs à Génoplante, indépendants des instances dirigeantes, choisis parmi des scientifiques de renommée mondiale. Nos interlocuteurs au sein de Génoplante ont souligné combien l’avis de ce conseil pesait lourdement dans les orientations du réseau.

D’autre part, Génoplante fonctionne par appel à projets, ce qui implique un travail de sélection et d’évaluation de l’ensemble des projets proposés. Finalement, seuls les meilleurs, au sens des critères du réseau, seront retenus. Comme décrit ci-dessus, cette évaluation est réalisée par les comités paritaires thématiques, qui classent les projets en fonction de leur excellence scientifique et de leur potentiel d’application (par exemple, le gène étudié dans le projet doit potentiellement avoir un intérêt agronomique). Mais un projet ne sera définitivement accepté qu’après examen par des experts extérieurs, généralement un français et un étranger. Les coordinateurs des comités thématiques sont chargés de veiller à l’avancement des projets dépendants de leur comité. Tous les six mois, les chefs de projet doivent leur remettre un rapport détaillant les travaux accomplis et faisant un point sur le financement. Ils effectuent également une présentation orale devant le comité thématique, à laquelle sont conviés tous les chefs de projet. Ces présentations sont un moyen de faire circuler l’information sur les réalisations du réseau et d’éviter un cloisonnement entre les projets. Certains projets ont été arrêtés pour des problèmes de faisabilité ou de manque d’ardeur.

Enfin, après deux ans d’existence, un bilan complet de l’activité du réseau a été effectué, conformément à ce qui avait été prévu lors de l’engagement de l’Etat en 1999. Ce bilan a permis de recadrer l’ensemble des programmes de recherche pour trois ans et de passer à la phase Génoplante 2. Cette phase durera trois ans. A son terme, l’Etat étudiera à nouveau l’opportunité de soutenir Génoplante par un bilan complet.

La sélection et l’évaluation occupent donc une place importante au sein de Génoplante. Ce constat résulte certainement de la détermination des parties prenantes au réseau de ne perdre ni leur temps, ni leur argent.

La charte des membres fondateurs :

Une particularité du réseau Génoplante tient au fait qu’il est doté d’une charte, signée par tous les membres fondateurs. Dans cette charte, Génoplante affiche clairement sa volonté de relever à la fois les enjeux scientifiques et économiques de la génomique végétale. Les membres fondateurs reconnaissent la nécessité d’un engagement fort et durable, le passage de l’analyse des génomes aux applications étant un processus de longue haleine. Enfin, ils s’engagent à respecter de grands principes de fonctionnement, après avoir souligné : « Les membres fondateurs de Génoplante partagent la même volonté d’ériger Génoplante en exemple réussi de collaboration entre les secteurs public et privé. Ce souci d’exemplarité se traduit par des principes de fonctionnement qui visent tant à l’efficacité du dispositif commun qu’au respect de l’identité et des contraintes de chacun des membres ».

Dans tous les éléments de la charte se retrouve la volonté d’instaurer un partenariat public-privé gagnant-gagnant, respectueux de chacun des membres. Les règles de parité et d’unanimité apparaissent finalement comme des instruments au service de cet engagement.

Comme nous allons maintenant le montrer, le plus surprenant chez Génoplante est justement que les vœux pieux inscrits dans la charte soient scrupuleusement respectés.

Lire le mémoire complet ==> (Recherche et entreprises : Eloge de la folie)
Mémoire d’Ingénieurs Elèves
Ecole des Mines de Paris – Corps Techniques de l’Etat